Como foram capazes de acelerar a liberação preliminar do genoma do cacau de uma maneira tão significativa?

O fator mais importante é que nos últimos dois anos, pudemos nos beneficiar de avanços significativos na tecnologia de sequenciamento. Outro fator-chave para nosso sucesso foi a interação e colaboração em tempo real entre todos os nossos dedicados parceiros. Nossa metodologia esteve disponível para acompanhamento de todos durante todos os momentos. Esta união de cientistas com pensamento em comum trabalhou incansavelmente para gerar este recurso tão valioso e disponibilizá-lo para a comunidade de pesquisa de maneira oportuna.

Quando o genoma “completo” estará disponível?

O genoma preliminar já está 90% pronto, no sentido de que ajudará os melhoristas e produtores de cacau com informação que pode ser imediatamente utilizada. Contudo,  estaremos conduzindo análises aprofundadas no genoma para identificar caracteres associados com genes específicos. Esperamos ansiosamente para lançar uma análise mais complete no próximo ano.

Por que é importante que o seqüenciamento preliminar esteja publicamente disponível?

Acreditamos que é importante que os melhoristas de cacao e geneticistas tenham acesso à esta preciosa informação para que sua pesquisa possa prosseguir tão rapidamente quanto possível e oportunize o máximo benefício para os produtores de cacau em todos os locais. A disponibilização pública dos dados permite que a biologia molecular seja incorporada em programas que utilizam cruzamentos tradicionais de tal maneira que o cacau sirva de modelo para o cruzamento vegetal de árvores tropicais perenes e superiores.

Então onde o público pode ir para acessar esses dados e como será permitida a utilização dos mesmos?

O acesso público ao genoma estará disponível permanentemente sem patentes através do Banco de Dados do Genoma do Cacau (Cacao Genome Database). Antes de visualizar os dados, os usuários devem concordar que não buscarão proteção de propriedade intelectual de qualquer tipo sobre os dados incluindo seqüências genéticas contidas na base de dados. A informação contida em “Acordo de Acesso” permite que qualquer melhorista de cacau e outros pesquisadores usem livremente a informação genômica para desenvolver novas variedades de cacau; permitindo assim, um campo de busca em um ambiente saudável de competição que tem como meta a longo prazo beneficiar a produção sustentável de cacau.

Por que essa liberação do genoma irá prevenir o patenteamento do genoma do cacau?

Iremos continuar a análise e a caracterização do genoma do cacao em preparação para uma publicação com revisão paritária. Através da disponibilização desse recurso através de uma base de dados pública agora, é possível prevenir o patenteamento do genoma do cacau e permitir que qualquer indivíduo possa utilizar o genoma em melhoramento de cacau.

Por que preciamos de uma Base de Dados do Genoma do Cacau?

O projeto de seqüenciamento do genoma do cacau está gerando uma grande quantidade de dados: dados de transcripção, dados de mapas físicos e dados de polimorfismos de nucleotídeo único (SNP). Esses dados estão sendo produzidos pelo USDA (Departamento de Agricultura dos Estados Unidos) e outros institutos de pesquisas e necessitam de um sítio eletrônico para a deposição, extração e tratamento das informações biológicas, bem como para a manipulação e distribuição dos dados. A base de dados do genoma do cacau conterá dados abrangentes do mapa físico geneticamente ancorado do cacau, base de dados de EST (etiquetas de seqüências expressas) anotadas do cacau, mapas e marcadores de cacau. Isso tudo publicamente disponível bem como o material bruto e alinhado resultante do projeto continuado de seqüenciamento do genoma. Anotações de EST e seqüências genômicas incluirão o alinhamento de seqüências contíguas, função putativa, repetições de seqüência simples, ORFs (seqüências de leitura aberta), Ontologia de Gene e posicionamento ancorado ao mapa físico do cacau quando aplicável. O visualizador integrado do mapa providenciará uma interface gráfica para genética, transcriptoma e informações do mapeamento físico. Novos dados sobre o novo mapa do cacau serão adicionados ao CMap, uma ferramenta web que permite aos usuários visualizar comparações entre mapas genéticos e físicos. ESTs, BACs (Cromossomos bacterianos artificiais) e marcadores serão extraídos por várias categorias e sites de resultado de pesquisa estarão ligados ao visualizador do mapa integrado ou a sites WebFPC de mapas físicos. Além de navegar e extrair informações da base de dados, os usuários poderão comparar suas seqüências  com as seqüências anotadas do cacau através do servidor dedicado BLAST de semelhaça de seqüência, investigar suas seqüências para microsatélites utilizando o servidor SSR ou, ainda, alinhar suas ESTs utilizando o servidor CAP3.